Ochrana rysa na Slovensku bola počas posledných dvoch dekád založená len na tzv. „odborných odhadoch“ z dôvodu absencie relevantných vedeckých údajov o tomto druhu a jeho populácii. Stav populácie rysa na Slovensku bol z týchto dôvodov v oficiálnej správe o stave biotopov a druhov Európskeho významu definovaný, ako nepriaznivý-nedostatočný napriek tomu, že v oficiálnej poľovníckej štatistike za rok 2015 sa uvádza až 1717 jedincov, čo poľovníci hodnotia ako „premnoženie druhu“. Výskumom však bolo jednoznačne dokázané, že tieto údaje sú výrazne 6 – 7-násobne nadhodnotené. Toto nadhodnotenie je spôsobené viacnásobným zaznamenaním rovnakých jedincov v rámci viacerých poľovných subjektov, ktorých rozloha je menšia (SR priemer 26,6 km2), ako priestorové nároky rysov (150–300 km2). Tento fakt je však štátnou správou dlhodobo ignorovaný čo má za následok prezentovanie vedecky nepodložených informácií pri interpretácii stavu a veľkosti populácie rysa na lokálnej, národnej aj medzinárodnej úrovni. Tieto nedorozumenia vedú následne ku konfliktom medzi rysom a ľudskými záujmami. Dôsledkom týchto konfliktov sú zvýšená mortalita rysov a fakt, že napriek 17-ročnej (avšak pasívnej) ochrane druhu tento nedosiahol priaznivý stav a únosnú kapacitu prostredia.
Efektívny manažment a/alebo ochrana druhu musia byť vždy založená na relevantných údajoch o stave druhu, ako aj vývojovom trende celej jeho populácie. Takéto údaje je však možné získať iba pomocou systematického monitoringu populácie napr. s využitím fotopascí alebo genetického výskumu. Navyše, dlhodobý systematický monitoring umožňuje zaznamenať aj prípadné zmeny v populácii a rozlišovať medzi dlhodobými trendmi a krátkodobými fluktuáciami populácie. Monitoring s fotopascami je štandardnou metódou používanou pre odhad veľkosti populácie (abundancie a denzity) vzácnych druhov akými sú napr. mačkovité šelmy (tiger džunglový Panthera pardus, leopard snežný Panthera uncia, rys ostrovid atď.). Tieto druhy majú svoje prirodzené označenie (u rysa škvrnitosť), ktoré umožňuje presné rozlišovanie jednotlivých jedincov a ich individuálnu identifikáciu.
Na Slovensku je monitoring s využitím fotopascí realizovaný od roku 2012. V rámci projektu LIFE je v spolupráci s partnermi implementovaný na štyroch územiach: Chránenom krajinnom území Štiavnické vrchy (ďalej len CHKO), Národnom parku Veľká Fatra (ďalej len NP), NP Muránska Planina a CHKO Strážovské vrchy. Výsledky monitoringov preukázali, že denzita populácie rysa je priestorovo špecifická a napr. v Národnom parku Muránska Planina a CHKO Strážovské vrchy je vyššia (1.47 ± 0.37 a 0.97 ± 0.25 rysa na 100 km2 vhodného biotopu), ako denzita populácie odhadovaná rovnakou metódou v CHKO Štiavnické vrchy a NP Veľká Fatra (0.58 ± 0.13 a 0.81 ± 0.29 rysa na 100 km2 vhodného biotopu). Na posledných dvoch uvedených územiach populácie rysa nezodpovedali definícii priaznivého stavu podľa Programu starostlivosti o územia NATURA 2000 na Slovensku a teda nemohli byť do reštitučných programov zahrnuté. Na nižšiu odhadovanú denzitu populácie v CHKO Štiavnických vrchoch a NP Veľká Fatra mohlo mať vplyv viacero faktorov, hlavne ekologické (fragmentácia biotopu, príbuzenské kríženie, nižšia kondícia, kompetícia s inými druhmi ako napr. medveď) a antropogénne faktory (kolízie s dopravnými prostriedkami a ilegálny lov). Naopak, výsledky systematického monitoringu rysa v NP Muránska Planina a CHKO Strážovské vrchy preukázali, že populácia tohto druhu je v priaznivom stave a teda dosahuje únosnú kapacitu prostredia. Na základe toho je možné konštatovať, že populácia rysa na týchto dvoch územiach je dostatočne početná a životaschopná na to, aby mohlo byť niekoľko jedincov (1 jedinec za 1 rok) z tohto územia použitých v rámci programu reštitúcie rysa vo Falckom lese bez negatívnych dôsledkov na materskú populáciu a jej demografický vývoj.
Početnosť populácie rysa môže v čase výrazne kolísať. Napríklad v reštituovanej populácii rysa vo Švajčiarskych Alpách a pohorí Jura boli v poslednej dekáde zaznamenané 1.6 až 3-násobné zmeny v denzite. Preto je pravidelný monitoring nevyhnutný na zabezpečenie efektívnej ochrany a manažmentu druhu prostredníctvom informovanosti o časovej a priestorovej variabilite v početnosti jedincov ako aj o populačnom trende v jednotlivých častiach areálu rozšírenia rysa v súlade so schváleným programom starostlivosti o rysa na Slovensku, ako aj s manažmentovým plánom rysa v Európe a Kľúčovými aktivitami pre veľké šelmy v Európe.
Moderná verejnosť jednoznačne podporuje výskum, monitoring a komplexné riešenie konfliktov medzi ľudskými aktivitami a veľkými šelmami za účasti všetkých zainteresovaných skupín (t.j. ochrany prírody, lesníkov a poľovníkov atď.). Slovensko je do značnej miery tzv. kultúrnou krajinou a z tohto dôvodu je do blízkej budúcnosti pravdepodobný aj zvýšený dopad negatívnych ľudských aktivít na tieto druhy vrátane rysa. Medzi najdôležitejšie negatívne faktory na Slovensku patrí rovnako ako v celých Karpatoch hlavne výstavba infraštruktúry, najmä dopravných komunikácií a rozširovanie zastavaných území, ktoré limitujú migráciu medzi jednotlivými územiami spôsobujú fragmentáciu biotopov rysa a kolízie s dopravnými prostriedkami. Dôsledkom prerušenia najdôležitejších migračných trás a vytvárania migračných bariér je obmedzený tok genetických informácií a následná izolácia populácie v okrajových častiach výskytu od jadrových častí populácie čo môže mať za následok pokles životaschopnosti populácie rysa na Slovensku ako aj v susedných krajinách. Stav populácie rysa v rámci susedných krajín (Česká republika, Poľsko, Ukrajina a Maďarsko) je závislý hlavne na stave populácie rysa na Slovensku. Preto má Slovensko mimoriadny význam a zároveň zodpovednosť pri ochrane rysa v Európe.
Veľmi negatívnym faktorom je aj značný ilegálny lov rysa. Negatívne názory poľovníkov na prezenciu tohto druhu vychádzajú z presvedčenia, že rys je zodpovedný za údajný pokles populácie srnčej zveri (Capreolus capreolus). Faktom však je, že podľa oficiálnych poľovníckych štatistík populácie raticovej zveri, vrátane srnčej za posledných 20 rokov permanentne stúpajú. Navyše na populáciu srnčej zveri okrem rysa ako hlavného predátora (dospelých jedincov) významne vplýva aj stres z kompetície s ostatnými druhmi raticovej zveri, najmä s jeleňou zverou (Cervus elaphus) čo má za následok znižovanie fitness ako u srnčiat tak aj u dospelých jedincov. Významnú úlohu však zohrávajú aj ďalšie druhy a to hlavne na prírastku srnčej zveri, ako líška (Vulpes vulpes) a diviak (Sus scrofa), ktorých zvýšené počty môžu významne negatívne ovplyvniť celkový prírastok srnčej zveri. V neposlednom rade na prírastok srnčej zveri vplýva aj nesprávne hospodárenie na poľnohospodárskych pozemkoch (vysoká úmrtnosť mláďat pri kosení). Na základe toho je možné konštatovať, že výsledný stav populácie srnčej zveri je závislý od celkového pôsobenia predácie, kompetície s inými druhmi kopytníkov a antropogénnej činnosti. Z uvedeného vyplýva, že konflikty medzi rysom a človekom majú viac socio-politický, než biologický charakter a pre ďalší progres je preto nevyhnutné vzájomné pochopenie názorov medzi všetkými zainteresovanými skupinami (ochrany prírody, poľovníci, lesníci a verejnosť), ale hlavne akceptácia nezávislých vedeckých údajov. To je možné dosiahnuť iba pomocou budovania vzájomnej spolupráce a dôvery pri realizácii aktivít ako napr. monitoring rysa, ktorý bez participácie všetkých zainteresovaných subjektov nie je možný. Doterajšia spolupráca všetkých zainteresovaných skupín v predchádzajúcich štúdiách (CHKO Štiavnické vrchy a NP Veľká Fatra) ako aj pri monitoringu na území NP Muránska Planina a CHKO Strážovské vrchy sú exemplárnym príkladom vynikajúcej spolupráce a zároveň dôležitým precedensom pre riešenie konfliktov predátor-človek v budúcnosti.