© Branislav Tám

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Actuellement le lynx est peu menacé par des causes naturelles comme des maladies infectieuses. La plus grande menace provient de l'homme et de ses activités. Le lynx a besoin d'un domaine vital relativement grand, d'environ 100-400 km². Les réseaux routiers et ferroviaires, de même que les zones urbaines fragmentent ses habitats potentiels. Ils agissent comme des barrières qui séparent les populations ou qui compliquent le contact entre elles. Le risque d'appauvrissement génétique apparait dans les populations isolées. Lorsque l'échange avec les populations voisines n'est plus possible, les accouplements entre individus ayant des liens de parenté sont de plus en plus fréquents. Les effets de la consanguinité peuvent être une augmentation des cas  d'infertilité et de naissances prématurées, une hausse de la mortalité des jeunes et des maladies héréditaires. C'est pourquoi la connexion des habitats naturels joue un rôle décisif pour la survie à long terme d'une population de lynx. La dispersion de quelques individus entre sous-populations peut permettre le maintien d'une diversité génétique suffisante.

A côté des effets négatifs de l'augmentation du morcellement du paysage par les routes et zones urbaines sur la génétique, s'ajoutent les cas de mortalité dus directement aux routes et voies ferrées. Afin de réduire l'effet barrière des grands axes routiers et de maintenir une certaine perméabilité du paysage pour la faune sauvage, des écoponts et petites passerelles sont construites. Dans la Forêt du Palatinat se trouvent des écoponts au-dessus de l'A6 à Wattenheim et au-dessus de la B10 à Hinterweidenthal.

Malgré son statut de protection élevé, la destruction illégale, par tirs ou empoisonnements est l'une des principales menaces du lynx.